Poche e spesso incerte le notizie sulla Chiesa così chiamata dal 1618 quando vi fu istituita l’omonima Confraternita che ancora oggi vi ha sede.
La Chiesa ricca di storia e di opere d’arte è tutelata dalla Soprintendenza per i Beni Ambientali ed Architettonici del Ministero per i Beni Culturali con Lettera del 29 Maggio 1995 inviata alla Confraternita ed al Sindaco di Fano. Dopo le sei primarie chiese della Città quella del Suffragio è sicuramente tra le più importanti sia per antichità che per ampiezza. Pur non essendo parrocchia ha però accolto fin dal 1618 un’associazione che, oltre allo spirito di fraternità fra i Soci, ha per principale scopo la devozione ai Defunti da cui l’appellativo di Confraternita del Suffragio.
Dalle poche fonti storiche reperibili non sembra ci sia un atto che ne determini l’epoca precisa di costruzione, ma la stessa è riconducibile al 1500 da una Bolla d’Investitura del 1602 a favore delle Monache della SS. Trinità, poi dette di S. Daniele, ove si accenna ad un’altra precedente Bolla del 1513, da cui si evince che le Monache in quel periodo ne avevano già il possesso, per cui la chiesa nel 1500 già esisteva.
Nel 1807 la Confraternita dotò la Chiesa di un organo opera di Sebastiano Vici di Montecarotto e lo collocò nell’orchestra sopra l’ingresso.
Certo è che la Chiesa fu costruita sul suolo appartenente alla Basilica di S.Giovanni in Laterano di Roma dalla quale ne venne la giurisdizione e il dominio che il Capitolo Lateranense, come lo dimostra l’arma e l’iscrizione in pietra sulla facciata della Chiesa, ha esercitato nel tempo mediante la presenza di un suo rappresentante con il titolo di Vicario Lateranense godendo di tutti i privilegi spirituali e di tutte le indulgenze elargite dai diversi Pontefici della succitata basilica.
I bombardamenti dell’ultima guerra distrussero la facciata e orchestra, ma l’organo si salvò perché già ceduto alla parrocchiale di Caminate dove tuttora si trova.
E’ merito della Confraternita aver saputo promuovere il recupero di una chiesa che pareva ormai destinata all’abbandono grazie al generoso contributo della Fondazione Cassa di Risparmio di Fano che si è fatta carico di un restauro impegnativo, oneroso ed importante.
Oggi nella Confraternita sono tornati a fiorire un Coro Gregoriano, una Scuola di Musica una Orchestra di Fiati ed una Banda Musicale.
La Chiesa di forma rettangolare si presenta internamente a navata unica con cinque altari. L’Altare Maggiore o del SS. Crocifisso dall’antichissimo affresco, di cui si ignora l’autore, sovrastato da una bellissima Gloria in stucco.